Η παρακολούθηση και ο έλεγχος των διαφόρων επιβλαβών για τις καλλιέργειες οργανισμών, μπορεί να γίνει είτε με τα παραδοσιακά χημικά μέσα, είτε με ωφέλιμους βιολογικούς παράγοντες κάποιοι από τους οποίους αποτελούν και τα βιολογικά φυτοπροστατευτικά σκευάσματα.

Έρευνα του πανεπιστημίου Rutgers έχει δείξει πώς τα φυτά χρησιμοποιούν τα μικρόβια στο έδαφος για να πάρουν τα απαραίτητα για αυτά θρεπτικά συστατικά, μια διαδικασία που θα μπορούσε να αξιοποιηθεί για να ενισχύσει την ανάπτυξη των καλλιεργειών, να καταπολεμήσει τα ζιζάνια και να μειώσει τη χρήση λιπασμάτων και ζιζανιοκτόνων σκευασμάτων.