Την εποχή αυτή οι βαμβακοφυτείες βρίσκονται στην τελική ευθεία για την έναρξη της συγκομιδής.

Η συγκομιδή αρχίζει από το 2ο δεκαήμερο του Σεπτεμβρίου, ενώ μέχρι και το τέλος Οκτωβρίου έχει συγκομιστεί το 80-85% της συνολικής παραγωγής.

Παρόλα αυτά, η συλλογή, που συνήθως διαρκεί 35-40 ημέρες, μπορεί να παραταθεί αν επικρατεί βροχερός καιρός. Μέχρι το τέλος του Δεκεμβρίου συγκομίζεται και το υπολειπόμενο ποσοστό (δεύτερο χέρι).

Το μεγαλύτερο ποσοστό των ώριμων συγκομίσιμων καρυδιών προέρχεται από το κεντρικό τμήμα του φυτού, από τον 6ο ως και τον 10ο καρποφόρο βλαστό. Λιγότερα καρύδια παράγονται και σε καρποφόρους βλαστούς ψηλότερα από τον 10ο καρποφόρο βλαστό στο φυτό τα οποία επιδιώκεται να ωριμάσουν και να συγκομισθούν και αυτά.

Στα ώριμα καρύδια σχίζονται τα καρπόφυλλα στο σημείο ένωσής τους, ενώ οι ίνες και οι σπόροι (σύσπορο βαμβάκι) συγκρατούνται στη βάση τους. Καλή συγκράτηση του σύσπορου είναι επιθυμητή σε τέτοιο βαθμό που να αποτρέπει τις απώλειες λόγω βροχής ή δυνατού αέρα, χωρίς όμως να δυσκολεύεται η συγκομιδή.

Η συγκομιδή γίνεται με βαμβακοσυλλεκτικές μηχανές και πολύ σπάνια με το χέρι. Κατά τη συγκομιδή γίνεται απόσπαση του σύσπορου βαμβακιού από τα ανοιγμένα καρύδια.

Για διευκόλυνση της μηχανοσυλλογής το έδαφος του χωραφιού πρέπει να είναι στεγνό, ενώ για καλύτερης ποιότητας προϊόν η συλλογή πρέπει να γίνεται όταν το βαμβάκι δεν είναι υγρό, τα φύλλα των φυτών έχουν πέσει και τα ώριμα καρύδια έχουν ανοίξει.

Η συγκομιδή του σύσπορου βαμβακιού γίνεται από το πρωί ως και τη δύση του ηλίου και ποτέ βράδυ ή μετά από βροχή γιατί η αποθήκευση υγρού σύσπορου οδηγεί σε αύξηση της θερμοκρασίας, καταστροφή του σπόρου και μεταχρωματισμό των ινών.

Υγρά σύσπορα βαμβάκια με υγρασία μεγαλύτερη του 10-12% πρέπει να εκκοκίζονται αμέσως και να μην αποθηκεύονται.

Μετά τη συγκομιδή του βαμβακιού ακολουθεί:

• στελεχοκοπή,
• ψιλοτεμαχισμός και
• θρυμματισμός των στελεχών και μη συγκομισθέντων καρυδιών

με στελεχοκόπτη-καταστροφέα και στη συνέχεια όργωμα του εδάφους με υνιοφόρο αλέτρι σε βάθος 20-25εκ.

Η διαδικασία αυτή θα πρέπει να γίνει σε όλα τα βαμβακοχώραφα ανεξάρτητα από το αν την επόμενη καλλιεργητική περίοδο τοποθετηθεί ξανά βαμβάκι ή άλλη καλλιέργεια.

Η ενέργεια αυτή είναι πολύ σημαντική για την καταστροφή μυκήτων εδάφους και μεγάλου πληθυσμού του πράσινου και ρόδινου σκουληκιού που θα διαχειμάσει στα υπολείμματα της καλλιέργειας και μέσα στο έδαφος και θα δώσουν την πρώτη πτήση πεταλούδων την επόμενη καλλιεργητική περίοδο.