Η άσκηση της φυτοπροστασίας με την αποκλειστική χρήση χημικών ενώσεων είχε ως αποτέλεσμα την εμφάνιση σημαντικών προβλημάτων όπως είναι η ανάπτυξη ανθεκτικότητας σε πολλά είδη εντόμων καθώς και η διατάραξη της οικολογικής ισορροπίας λόγω περιορισμού των φυσικών εχθρών.

Ένας τρόπος αντιμετώπισης των ιώσεων των φυτών είναι η εφαρμογή μέτρων και αρχών φυτοκαραντίνας με ταυτόχρονη διεξαγωγή δειγματοληπτικών ελέγχων.

Η εξοικείωση με τον τρόπο με τον οποίο εντοπίζονται οπτικά οι ασθένειες των φυτών μπορεί βοηθήσει κατά πολύ στην εξακρίβωση της πραγματικής πηγής της ασθένειας.

Πολλοί ιοί επηρεάζουν τις τομάτες προκαλώντας μωσαϊκά μοτίβο στα φύλλα, καρούλιασμα φύλλων, μειωμένη ανάπτυξη, καψαλισμένη εμφάνιση φύλλων ή γραμμικά μοτίβο στα φύλλα.

Ενδιαφέρουσες ιστορίες για τους ιούς των φυτών χρονολογούνται από τον 15^ο αιώνα. Τουλίπες που έχουν μολυνθεί από ιούς δημιούργησαν μια μεγάλη αναταραχή γνωστή ως Tulipomania στην Ολλανδία περί τα 1600.